南京基督教青年会、女青年会自1985年复会后，一直开展和平教育事工活动。每年结合海外义工来访，组织当地青少年参与和平教育活动，参观侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、抗日民间史料馆、中国历史上第一个与外国签订不平等条约《中英南京条约》议定地—静海寺等中国近代史文物资源，与南京大屠杀遇难同胞幸存者座谈，邀请历史学家进行演讲，通过系列历史文化的探究，追溯和平友好的历史渊源，了解战争给人类带来的痛苦，促进民间和平外交工作。

1997 年与日本名古屋基督教青年会签订友好伙伴关系。南京基督教青年会一直参与中日、中韩青年会全国协会主办的总干事和平友好联席工作会议，承办了两届中日基督教青年会的和平论坛。1988年11月由日本基督教青年会同盟、日本各地基督教青年会、日本基督教青年会会员们捐款装修的“中日青年友谊厅”在南京基督教青年会、女青年会会所三楼建成，见证着中日青少年友好交流的一个又一个瞬间。周末南京市民在这里聆听日本友人捐赠的“先锋”音响和激光唱片，浸淫在美妙的音乐中。

2005年组织干事和义工参加中日韩三国基督教青年会和平植树活动。2007年至2009年南京基督教青年会与伙伴关系----日本名古屋基督教青年会开展了以和平为主题的圣诞卡绘画比赛的合作事工项目， 曾选送几百幅作品寄送日本参赛。2008年、2012年、2014年南京基督教女青年会协办了第一届、第二届、第三届中日基督教女青年会和平之旅活动，2010年、2014年派人参加了中日广岛和平教育等友好交流活动。

近几年来，与香港基督教女青年会、香港中华基督教青年会、韩国基督教青年会、美国基督教青年会、新加坡亚洲人文交流等组织开展了青少年和平教育活动。南京青年会坚信和平教育事工项目将使大家更好认识到战争和对人类的伤害，共同提升反对战争，维护世界和平的意识，在国际义工运动中增进两国青少年义工的友谊，推动和平教育社会工作的能力。